2009年《长江流域资源与环境》杂志相继被《全国中文核心期刊》、《中国科技论文统计源期刊》、《中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊》、《中国人文社会科学核心期刊》、《中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊》、维普网收录，并被《中国学术期刊评价研究报告——RCCSE权威期刊和核心期刊排行榜》评为RCCSE中国权威学术期刊。10月中旬收到万方数据公司发来的收录证书，本刊再次被万方数据公司《中国核心期刊（遴选）数据库》收录，期限为2009～2012年。

此外，本刊被台湾华艺“中文电子期刊服务”数据库收录，期限为2009～2010年。该数据库由华艺与全球最大通路Google Scholar合作。本刊被收录后可提高学术文献影响力，增加学术文献被引用的机会。